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上?萍即髮W(xué)寒假放假時間安排校歷及什么時候開學(xué)時間規(guī)定

更新:2023-09-21 23:26:02 高考升學(xué)網(wǎng)

一、上?萍即髮W(xué)寒假放假時間及開學(xué)時間

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二、上海科技大學(xué)最新消息資訊

近日,我校iHuman研究所水雯箐課題組與信息學(xué)院何旭明課題組合作在Nature Communications期刊發(fā)表了題為 “DeepPhospho accelerates DIA phosphoproteome profiling throughin silicolibrary generation” 的研究論文,探索利用新型深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)挖掘蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)。該工作創(chuàng)建了DeepPhospho譜圖預(yù)測模型,并為數(shù)據(jù)非依賴型(DIA)磷酸化蛋白質(zhì)組的數(shù)據(jù)解析提供了一套新流程。該流程能夠大幅提升對細(xì)胞內(nèi)磷酸化蛋白質(zhì)及其修飾位點的鑒定數(shù)目,同時保證位點鑒定和磷酸化水平定量的高準(zhǔn)確度和可重復(fù)性。利用該流程對同一套組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行重新挖掘,相比于常規(guī)的生物信息學(xué)流程能夠發(fā)現(xiàn)更多的細(xì)胞生長因子介導(dǎo)的信號通路和調(diào)控的下游激酶。

蛋白質(zhì)磷酸化是最常見和功能最重要的一種翻譯后修飾,幾乎所有的細(xì)胞信號通路都受到磷酸化修飾的精密調(diào)控。近年來,基于質(zhì)譜的磷酸化蛋白質(zhì)組研究描繪出大量蛋白質(zhì)的磷酸化修飾圖譜,極大程度地加深了對信號轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)調(diào)控的全局性認(rèn)識,也發(fā)現(xiàn)了不少與信號通路失調(diào)相關(guān)的潛在藥物靶點。由于功能性磷酸化位點的修飾水平通常較低,如何在高通量分析磷酸化修飾的同時保證位點鑒定的準(zhǔn)確性,并獲得精確的定量調(diào)控信息,這是磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)面臨的關(guān)鍵技術(shù)挑戰(zhàn)。

數(shù)據(jù)非依賴性(DIA)數(shù)據(jù)采集是一種新型的質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集方法,理論上可以數(shù)字化保存生物樣品蛋白質(zhì)組的全部信息。但DIA數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)極為復(fù)雜,數(shù)據(jù)解析通常需要在預(yù)實驗中建立大容量的參考譜圖庫,這個建立參考庫的要求明顯加大了DIA組學(xué)實驗的難度和樣品消耗量。本研究工作首先建立了DeepPhospho神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型,用于對DIA譜圖數(shù)據(jù)的預(yù)測(圖1),并在性能測試上優(yōu)于已發(fā)表的譜圖預(yù)測模型。而后,研究者利用DeepPhospho構(gòu)建完整的人源磷酸化蛋白質(zhì)組的預(yù)測譜圖庫(圖2),借助迭代式檢索策略對DIA質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行深度挖掘。對同一套數(shù)據(jù)的比較研究發(fā)現(xiàn),該新流程能獲得數(shù)目最多的磷酸化肽段與磷酸化位點的序列和定量信息,并且省去對實驗參考庫的需求,顯著簡化了實驗過程。為便于新工具的推廣使用,DeepPhospho還提供了在線網(wǎng)站版和離線工具包。

上?萍即髮W(xué)水雯箐教授和何旭明教授為該工作的共同通訊作者,生命學(xué)院博士研究生婁容琿和信息學(xué)院碩士研究生劉偉振為共同第一作者,信息學(xué)院博士研究生李榮頡和iHuman研究所研究助理李珊珊為本課題做出了重要貢獻(xiàn)。上海科技大學(xué)為第一完成單位。該工作得到了科技部、國家自然科學(xué)基金、上海市科委以及上科大科研啟動基金的支持。

三、上?萍即髮W(xué)相關(guān)文章分享

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