學校以理工科為主，設立物質(zhì)科學與技術學院、生命科學與技術學院、信息科學與技術學院、創(chuàng)業(yè)與管理學院和創(chuàng)意與藝術學院，實行大學院制，學院下不設系。學校設立免疫化學研究所、iHuman研究所和數(shù)學科學研究所和通識教育中心。

學校按照1:10–1:12的師生比建設一支1000人規(guī)模的教授隊伍，規(guī)劃選聘500位常任教授和500位特聘教授。其中，常任教授主要來源于國際著名大學的知名學者和優(yōu)秀青年學者，實行常任教授制（Tenure System）；特聘教授主要來源于中科院上海分院研究院所的優(yōu)秀科學家以及國內(nèi)外著名教授。截至2017年12月，學校已選聘448位教授（特聘教授291位、常任教授到位155位，教學教授2位）。其中包括諾貝爾獎獲得者3位、美國國家科學院院士6位、英國皇家學會院士2位、中國科學院院士28位、中國工程院院士3位、“中央千人”24位、“外專千人”2位、“上海千人”14位、“青年千人”35位、“杰青”95位。

學校培養(yǎng)本科生、碩士研究生、博士研究生以及專業(yè)學位研究生，在校學生規(guī)模規(guī)劃為本科生2000名，研究生4000名。截至2017年12月，學校共有在籍學生約2700人，其中本科生1198人，碩士研究生1098人，中科院聯(lián)培博士研究生400人。學校面向全國9省市招收了首屆207名本科生，2016年面向14省市招收了355名本科生，2017年面向14省招收了356名本科生。2013年學校招收了首屆296名中科院聯(lián)培研究生，2016年招收了432名中科院聯(lián)培研究生，2017年學校首次獨立自主招收465名研究生。

學校圍繞“服務國家經(jīng)濟社會發(fā)展戰(zhàn)略”的辦學使命，建立學院專業(yè)能力培養(yǎng)—書院綜合素質(zhì)培養(yǎng)結(jié)合、學—研結(jié)合、學—創(chuàng)結(jié)合的人才培養(yǎng)機制，注重培養(yǎng)學生“立志、成才、報國、裕民”的社會責任感，具備扎實的科學技術背景和創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)意識，深入了解中國傳統(tǒng)文化和國情，同時具有國際視野，成長為從事科學發(fā)現(xiàn)、高技術創(chuàng)新與新興產(chǎn)業(yè)創(chuàng)業(yè)的拔尖人才。

本科生培養(yǎng)遵循“寬口徑、厚基礎、小規(guī)模、國際化”的原則，突出“通（通識教育）、專（專業(yè)人才）、新（創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)）”的特色，建立了由專業(yè)教育、通識教育、個性化教育構成的本科培養(yǎng)體系，專業(yè)課程體系和標準與世界一流大學接軌，選用國際經(jīng)典教材；所有本科生必修數(shù)、理、化、生、信息，打下堅實理工科基礎；加強中華文明、世界文明、科技文明教育，注重創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)教育。學校為每位本科生配備導師，在學習生活、創(chuàng)新實踐、生涯規(guī)劃等多方面為學生提供指導。學校注重將創(chuàng)新實踐融入培養(yǎng)全過程：2017年，全體2016級本科生前往全國13個基地開展暑期社會實踐活動，全體2015級本科生和部分研究生前往50家企業(yè)和園區(qū)開展暑期產(chǎn)業(yè)實踐活動，近30%的大二大三本科生在學院/研究所實驗室參與科研實踐活動。學校致力于構建國際化的學習環(huán)境，為優(yōu)秀學生提供充足的海外學習交流機會：2017年93名本科生赴加州大學伯克利分校、芝加哥大學、意大利帕多瓦大學、耶魯大學進行暑期課程學習和交流。2017年秋季，我校派出了21名優(yōu)秀本科生赴哈佛大學、麻省理工學院進行一學期或一學年的專業(yè)課程學習和交流。

研究生培養(yǎng)以學術型博士為重點，兼顧一部分應用型碩士。自2013年成立以來，依托中科院上海分院各研究院所開展研究生培養(yǎng)，首屆（2013級）118名中科院聯(lián)培碩士研究生已順利畢業(yè)，整體就業(yè)升學率100%。學校已獲教育部批準，將結(jié)合上�？苿�(chuàng)中心建設以及上海市教育綜合改革，從2017年起在7個一級學科獨立招收和培養(yǎng)碩士和博士研究生。

學校瞄準物質(zhì)科學與技術、生命科學與技術和信息科學與技術的前沿領域同時開展教授個體科研和圍繞重大目標的團隊科研，推動學科交叉融合、大學與國家級科研機構融合，構建科技進步驅(qū)動產(chǎn)業(yè)發(fā)展的完整創(chuàng)新價值鏈，針對國家在轉(zhuǎn)型發(fā)展過程中所面臨的一系列嚴峻挑戰(zhàn)，探索基于科技創(chuàng)新的解決方案。目前，物質(zhì)、信息、生命、創(chuàng)管學院以及免疫化學研究所、iHuman研究所已制定了學科/平臺建設規(guī)劃，常任教授、科研人員正陸續(xù)到位，截至2017年9月已建立145個研究組，科研工作全面開展，截至2017年9月，學校科研人員共參與發(fā)表科研論文1379篇，其中上科大為第一單位598篇，“成功解析人源大麻素受體三維結(jié)構”等高水平科研成果開始涌現(xiàn)。學校全力推進科技與教育的融合，參與中科院牽頭的國家級科研項目，與中科院相關院所建立聯(lián)合實驗室開展全面科研合作，2017年10月超強激光光源聯(lián)合實驗室實現(xiàn)10拍瓦（1拍瓦=1千萬億瓦）激光脈沖輸出，達到國際領先水平。學校積極推動科教與產(chǎn)業(yè)的融合，與多家國內(nèi)外高科技企業(yè)開展產(chǎn)學研合作，技術成果轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化取得一系列進展。

2016年4月15日，國務院發(fā)布《上海系統(tǒng)推進全面創(chuàng)新改革試驗加快建設具有全球影響力的科技創(chuàng)新中心方案》，明確指出上科大在上海張江綜合性國家科學中心建設中承擔重要任務。目前，學校正與中科院上海分院科研院所等單位合作，負責或參與建設軟X射線自由電子激光用戶裝置、活細胞結(jié)構和功能成像等線站工程、超強超短激光實驗裝置、上海光源二期線站工程（納米自旋與磁學線站、高性能膜蛋白晶體學線站），牽頭硬X射線自由電子激光裝置的規(guī)劃和建設，承擔“多空間多時間尺度生物成像平臺”“機器學習與虛擬現(xiàn)實平臺”等科創(chuàng)中心建設重點建設工作，力爭為上�？苿�(chuàng)中心建設做出重要貢獻。

學校積極投身教育全球化，與多所國際一流大學在學生培養(yǎng)、教師培訓、課程共享、學術交流、合作科研等方面開展全方位務實合作，并積極拓展與國內(nèi)一流大學的交流合作關系。目前學校已與芝加哥大學、麻省理工學院、加州大學伯克利分校、哈佛大學、耶魯大學、康奈爾大學、賓夕法尼亞大學、帕多瓦大學、牛津大學、德雷塞爾大學等歐美知名高校建立了良好的合作關系，在學生交流、課程開發(fā)、教師交流等方面開展項目合作，合作院校還在不斷增加。